Der Verfahrensablauf zeichnet sich aus durch besondere Kürze: Direkte Klageeinreichung beim Handelsgericht – Weiterzug an das Bundesgericht; Schlichtungsverfahren sowie eine zweite kantonale Instanz entfallen.
Typisches Verfahren vor Handelsgericht: Klageschrift – Kostenvorschuss – Klageantwort – Vergleichsverhandlung (ohne Parteivorträge) – falls keine Verhandlung oder keine Einigung: Replik – Duplik – Hauptverhandlung (und Beweisabnahme) - Entscheid.

Bei der Budget- und Liquiditäts-Planung sind auf Klägerseite nicht nur die eigenen Anwaltskosten zu berücksichtigen. Denn die klagende Partei wird nach Einreichung der Klageschrift umgehend zur Leistung eines Gerichtskostenvorschusses aufgefordert.
Bei Nichtleistung des Vorschusses wird auf die Klage nicht eingetreten.
Die Höhe des Vorschusses richtet sich im Wesentlichen nach dem Streitwert (vgl. kantonale Verordnungen über die Gerichtsgebühren). Die Gerichte verfügen über ein relativ grosses Ermessen. Beispiele aus der Praxis: Streitwert CHF 8.5 Mio. – Gerichtskostenvorschuss von CHF 140'000; Streitwert CHF 1.2 Mio. – Gerichtskostenvorschuss von CHF 25'000.
Je nach Konstellation kann es sinnvoll sein, eine externe Prozessfinanzierung zu erwägen.

Die Einreichung von Rechtsschriften und Beilagen zusätzlich in elektronischer Form auf einem USB-Stick kann sinnvoll sein, soweit sie von Handelsgerichten gewünscht wird. Wenn (unter Beachtung der entsprechenden Regeln) Rechtsschriften und Beilagen nur in elektronischer Fassung eingereicht werden, dürfen die Gerichte seit dem 1. Januar 2017 die Unterlagen nur noch ausnahmsweise in Papierform nachfordern (vgl. Art. 130 Abs. 2 lit. c ZPO und Art. 8a VeÜ-ZSSV: technische Schwierigkeiten).